Als bundesweite Organisation unterteilt sich die Deutsche Marine-Jugend e.V. in untergeordnete Verbände auf Landesebene. Dem Bundesverband obliegt es die Bundeswettkämpfe und bundesweiten Veranstaltungen zu organisieren und auszurichten. Der Bundesverband kümmert sich auch um die internationalen Kontakte mit befreundeten Organisationen.

Die Landesverbände wiederum organisieren die einzelnen Ortsgruppen und richten Landeswettkämpfe aus. Auch überregionale Veranstaltungen werden von den Landesverbänden organisiert.

Die einzelnen Ortsgruppen der Deutschen Marine-Jugend e.V. sind üblicherweise jeweils Mitglieder in Landesverbänden.